Penyakit menjadi masalah yang mengkhawatirkan peternak dalam mengembangkan sapi bali. Beberapa penyakit yang sering menyerang sapi bali adalah: 1). Penyakit jembrana,   2). Bovine Ephemeral Fever (BEF), 3). Diare ganas menular, 4). Berak darah, 5). penyakit bali/bali ziekte, dan 6). Cacingan. Di antara penyakit-penyakit tersebut, penyakit jembarana dan penyakit bali ziekte merupakan penyakit khas pada sapi bali.

Penyakit Jembrana

Penyakit jembrana disebabkan oleh virus dan hanya menyerang sapi bali. Sapi yang terserang berumur lebih dari 1 tahun dan yang terbanyak berumur 4–6 tahun.

Penularan penyakit jembrana dari sapi ke sapi lainnya diperkirakan oleh serangga penghisap darah seperti lalat (lalat tapis), caplak dan nyamuk. Serangga-serangga tersebut merupakan serangga penghisap darah. Jika serangga menggigit dan menghisap darah sapi yang sakit.

Sapi yang terserang penyakit jembrana akan mengalami penurunan nafsu makan, sehingga pertumbuhannya secara umum termasuk kenaikan berat badannya terhambat. Penyakit ini bahkan dapat menyebabkan kematian sapi terlebih jika terlambat penanganannya. Selain itu penyakit jembrana menyebabkan tidak diijinkannya penjualan bibit sapi bali dari Bali ke luar pulau, karena kekhawatiran akan penyebaran penyakit jembrana ke wilayah yang lebih luas di Indonesia. Hambatan penjualan sapi bibit ini tentu menghambat peningkatan harga sapi bali.

Dan yang lebih mengkhawatirkan lagi, jika penyakit jembrana tidak ditanggulangi secara serius maka akan terjadi kepunahan habisnya sapi bali. Padahal sapi bali merupakan sapi ras asli Indonesia yang mempunyai banyak keunggulan, di antaranya dapat hidup dan tumbuh dengan baik di daerah-daerah kurang subur/marginal karena mempunyai daya cerna yang bagus terhadap pakan. Jika sapi bali punah, maka Indonesia khususnya Bali akan kehilangan sumberdaya ternak yang membanggakan. Itulah alasan pentingnya program penanggulangan penyakit jembrana.

Penanggulangan

Penanggulangan penyakit secara umum dilakukan dengan cara pencegahan dan pengobatan. Pencegahan dilakukan bagi hewan yang sehat agar tidak sampai tertular penyakit, sedangkan pengobatan dilakukan untuk mengobati hewan yang sakit supaya segera sembuh dari penyakitnya dan tidak menimbulkan kerugian terlalu besar bagi peternak.

1. Tindakan pencegahan, yaitu menggupayakan agar virus tidak menyebar, tindakan tersebut meliputi:

1. Karantina. Memelihara secara terpisah sapi yang baru datang dari lingkungan lain ke lokasi peternakan untuk beberapa hari, setelah itu jika sapi baru tersebut ternyata sehat maka dapat dipelihara bersama dengan sapi yang telah ada di lokasi.
2. Isolasi. Mengandangkan secara terpisah sapi yang sakit sampai sapi tersebut sembuh,
3. Sanitasi. Membersihkan kandang dan lingkungannya setiap hari, supaya tidak ada sampah dan limbah menumpuk di sekitar kandang, karena tumpukan sampah dan limbah merupakan tempat persembunyian dan pembiakan serangga. Sebaiknya sampah dan limbah segera diproses menjadi pupuk/kompos, karena proses pengkomposan dapat mematikan telur dan larva serangga yang ada di dalamnya.
4. Spraying. Menyemprot kandang dengan anti serangga secara berkala sesuai dengan aturan dan rekomendasi dinas peternakan.
5. Memelihara sapi secara baik, memberinya cukup pakan dan menyediakan kandang yang layak supaya tubuh sapi menjadi kuat sebab tubuh yang kuat akan dapat bertahan dan mampu melawan penyakit/virus yang menyerangnya.
6. Vaksinasi. Memberikan vaksin jembrana sesuai dengan aturan kepada semua sapi yang sehat, supaya pada setiap sapi terbentuk kekebalan terhadap penyakit jembrana.

2. Tidakan pengobatan, yaitu mengupayakan sapi yang sakit agar segera sembuh, dengan memberikan obat kepada sapi. Ini bisa dilakukan oleh dokter hewan, supaya sapi mendapatkan obat yang tepat dalam takaran yang sesuai dengan tingkat keparahan penyakit dan kondisi sapi.

Penyakit bali/Bali ziekte

Penyebab penyakit adalah racun lantadine yang terdapat dalam tanaman lantana camara atau kerasi. Sapi bali apabila memakan tanaman ini akan mengalami keracunan dan menderita penyakit bali ziekte.

Gejala penyakit : tubuh sapi panas, nafsu makan menurun bahkan sampai hilang sama sekali, gatal-gatal dan tidak tenang, kulit di bagian tubuh yang menonjol dan ujung telinga kiri dan kanan atau simetris mengering seperti kerupuk lalu mengelupas dan meninggalkan bekas luka. Keadaan ini akan lebih parah bila sapi terjemur atau kena panas matahari. Sering terjadi infeksi pada bekas luka, sehingga lukanya menjadi koreng yang berair bahkan bernanah. Pada kejadian yang akut penyakit bali ziekte susah disembuhkan, tetapi pada keadaan dimana kadar Lantana camara yang dimakan masih sedikit maka kemungkinan sembuh masih bisa 70-90 %.

Cara mencegah dan menangani penyakit bali ziekte pada sapi bali adalah sebagai berikut: